La contamination des eaux de surface résulte de la rencontre d’un flux d’eau avec une source bactérienne d’origine fécale animale ou humaine. Des suivis de marqueurs génétiques permettent aujourd’hui d’identifier les origines des pollutions. Mais ils ne permettent pas de quantifier le niveau de contribution des différentes origines à un épisode de pollution.

Les pollutions ont souvent des origines multiples : humaine (assainissement, déjections canines sur voirie), agricole (bovins, porcins, équins ou volailles) et naturelle (oiseaux).

La résorption des sources de pollution d’origine humaine mobilise l’expertise des raccordements, des réseaux de collecte et des dispositifs d’assainissement des eaux usées collectifs ou individuels et des réseaux de collectes des eaux pluviales.

En ce qui concerne les pollutions d’origine agricole, la résorption des pollutions nécessite de prendre en compte la collecte des eaux souillées autour des bâtiments d’élevage mais aussi d’identifier les pratiques susceptibles de générer des transferts de bactéries vers les milieux naturels. Les troupeaux qui s’abreuvent directement dans les rivières piétinent les berges et produisent des déjections dans ou à proximité de l’eau. Celles-ci sont lessivées au moment des pluies et les bactéries contaminent alors la rivière. Une seule bouse de vache est capable de polluer 1 km de rivière.

Des aménagements de chemin d’exploitation peuvent aussi jouer le rôle de vecteur de pollution. Un chemin pentu évacue l’eau de pluie vers le point bas et potentiellement vers un ruisseau. Les bovins sortants et rentrants de l’étable souillent le chemin de leurs déjections qui sont ensuite entraînées vers le ruisseau par temps de pluie.

Les stockages de fumier au champ et les épandages de fumier et de lisier peuvent aussi constituer des sources de pollution si les périodes ou les distances d’éloignement par rapport aux ruisseaux et fossés ne sont pas adaptées. Ces éléments font l’objet des règles définies dans le Plan d’Action Régional Nitrates.

Les points d’affouragement constitue également des points à risque lorsqu’ils sont trop proches des ruisseaux et que les animaux restent au champ en période pluvieuse.

Dès 2014, l’EPAB a sensibilisé et incité les éleveurs de bovins du territoire à mettre en place des pratiques d’abreuvement qui garantissent la protection des rivières. Les techniciens ont rencontré les éleveurs pour définir les besoins d’aménagement, mettre à disposition et installer des dispositifs d’abreuvement adaptés.

En 2018, le Plan d’Action Régional Nitrates a introduit une interdiction de l’abreuvement direct des animaux d’élevage dans les ruisseaux. Il est donc obligatoire pour les éleveurs de mettre en place des dispositifs d’abreuvement adaptés.

De 2015 à 2019, l’EPAB a accompagné 35 éleveurs du territoire pour mettre en place 64 dispositifs d’abreuvement supprimant l’accès direct des animaux aux ruisseaux et rivières. Depuis 2020, l’aide matérielle n’existe plus pour l’abreuvement.

Les techniciens de l’EPAB continuent d’apporter leurs conseils aux éleveurs qui le souhaitent,  notamment sur la gestion des eaux de pluies qui s’écoulent sur les chemins d’exploitations empruntés régulièrement par les animaux.